2 cm.den büyük böbrek taşlarında, şok dalga tedavisinin başarısız olduğu ya da olacağı düşünülen öbür tüm taşlarda, her yaş kümesinde uygulanabilen, sırtın yan tarafından böbrek üzerine yakın uygun bir yerden yapılan yaklaşık 1cm.lik kesi yerinden böbrek içine küçük bir boru yerleştirilerek yapılan ameliyatlardır.
Bu borunun içinden yerleştirilen özel endoskoplarla (nefroskop) ulaşılan taşlar bütün olarak ya da kırılarak çıkarılır. Ameliyat sonu ekseriyetle böbrek içine bir kateter yerleştirilir (nefrostomi). Sıklıkla sonraki gün çekilen denetim grafileri sonrası kateter alınır ve yara yerinden gelen idrarın kesilmesi ile hastalar bir sonraki gün taburcu edilir.
Hastalar taburcu olurken yara yerindeki dikiş alınmış, pansumana gerek olmaksızın banyo yapabilecek, olağan yiyip-içip, gezebilecek durumdadırlar. Taburcu olduktan 7-10 gün sonra olağan yaşantıya dönülür. Ameliyat öncesi ve sonrası erken periyotta Aspirin ve gibisi kan sulandırıcı ilaçlar kesinlikle kesilmelidir.
Çocuk hastalar, çok büyük böbrek taşları, tek böbrekli, daha evvel tıpkı böbrekten geçirilmiş ameliyatı olan hastalar, böbreğin üst kısmında yerleşen taşlar, doğuştan kimi yapısal farklılığı olan böbrekler (atnalı böbrek, kaliks divertikülü), taşla bir arada birebir ameliyat sırasında düzeltilmesi gereken idrar yolu darlığı gibisi ek sorunu olan hastalar, birebir ameliyatta her iki böbreğe müdahalenin düşünüldüğü durumlarda ameliyatlar daha riskli olduğundan belirli bir tecrübe ile uygulanmaları gerekir.
